好坏都是相对的。两者的不同点不能归为优缺点，而是是否适合你所在的行业或你想用微信公众号来做什么。主要不同点有：
1.申请主体略有不同。
服务号只能是企业或组织等属于官方机构的主体才能申请，订阅号是企业或组织、个人等都可以申请，个人只能申请订阅号。
2.两者功能不同。
首页二者在微信端展现方式不一样，服务号推送的消息后，可以直接在接收消息列表中展现出来，并有提醒，而订阅号发送消息后，所有订阅号都被收集到了一个文件夹中，不再单独展示，也无即时提醒。
腾讯为了限制企业的微信营销，保护用户体验，服务号每月只能发送一条信息，一年才能发送12条。订阅号每天可以发送一条。
服务号都有自定义菜单，并可以申请微信认证，只要是公司名字或商标基本都可以，订阅号只能是媒体类，政府类、艺人等非公司性质的才能申请，也只有经过微信认证后才有自定义菜单。
3.接口开放的权限不同。
主要不同点也就是以上几点，总体看来各有优劣。笔者认为，大众服务类，有很大用户基础的企业适合做服务号，比如电信运营商，航空公司，电力公司，银行等，这些企业提供的是一些基础服务，不用发送更多的信息去做推广，也会有大量用户在使用企业的服务，开通微信公众平台，是把服务方式多元化了，如果用户体验很好，就会持续使用。服务号的功能接口较多，也便于提供更多服务，所以，基础服务类的企业是适合做服务号的。
大众消费品行业是适合做订阅号的，如餐饮、服装、汽车、娱乐等。任何一个面向大众的生产型企业，都需要不断的营销自己，产品和品牌，以此来保证自己的市场地位或开拓更大的市场。这样的企业做的大量的工作就是广告营销，不断的把产品或品牌信息传递出去，以影响更多的消费者。理论上，企业用公众号不断的推送产品信息，采用订阅号是比较合适的（有个适度的问题，过多的广告会变成垃圾信息）。用户浏览好的信息后，会转发到朋友圈，从而促进品牌传播。
目前第三方微信开发已经很成熟，订阅号也可以做各种功能，如微网站，抽奖，报名，商城等各种功能，也给企业留下了更多的选择。
也有一些企业采用的是双号策略，服务号做服务，订阅号做品牌传播。
不管怎样，微信营销已经变成一种趋势，我所说的营销不仅仅是广告推送，也包括服务沟通渠道，如电脑公司的售后沟通渠道，企业的移动展示平台，餐厅的微信点餐，预约服务等。微信的未来想象空间很大。